En la primera parte de la sesión, la Comisión Permanente de Asuntos Sociales dictaminó de forma positiva el proyecto de ley para la creación del Colegio Universitario de Limón (Cunlimón), expediente N.º 13395, propuesto por el diputado Walter Robinson Davis. Tras consultas previas con la Universidad de Costa Rica y la Universidad Nacional, ambas instituciones manifestaron su apoyo al proyecto, incluyendo recomendaciones del Consejo Superior Universitario.

Esta institución semiautónoma de educación superior abrirá nuevas oportunidades académicas para la juventud limonense, con una oferta orientada hacia las áreas tecnológicas, artísticas, deportivas, turísticas y de las ciencias del mar, con especial énfasis en la industrialización y comercialización de los recursos marinos, promoviendo el desarrollo de la pequeña industria.

En 1999 se aprueba la Ley N.º 7941 de creación del Colegio Universitario de Limón, definiéndolo como una institución semiautónoma de educación superior, cuya sede se ubica en el cantón central de la provincia de Limón. Al año siguiente, los esfuerzos se enfocaron en la planificación organizacional y presupuestaria de la naciente entidad.

En 2001 se nombra a la primera decana y, en 2002, se firma un convenio de articulación con los Colegios Universitarios de Cartago (CUC), Alajuela (CUNA), Puntarenas (CUP), la Escuela Centroamericana de Ganadería (ECAG) y el Ministerio de Educación Pública (MEP), mediante el cual se definirían los préstamos de las carreras que se impartirían.

En septiembre de 2002, la sede central inicia operaciones con 44 estudiantes en el diplomado en Computación Empresarial y 75 personas de la comunidad capacitadas mediante programas técnicos.

Para el 2003, se amplía la oferta académica con los diplomados en Inglés como Segunda Lengua, Dirección de Empresas y Guía Naturalista. Además, comienza la expansión hacia otros cantones de la provincia, iniciando en Pococí con los diplomados en Computación Empresarial e Inglés como Segunda Lengua. Ese mismo año, se suscribe un convenio con la Universidad de Costa Rica (UCR), sede Limón, permitiendo a los estudiantes continuar su formación en dicha universidad. Asimismo, se establece un convenio con el Instituto Nacional de Aprendizaje (INA), con el objetivo de dar continuidad a la formación a nivel de diplomado.

Durante el 2004, la institución se enfoca en fortalecer su gestión mediante estudios y diagnósticos orientados a la apertura de nuevas sedes en otros cantones.

En 2005, se abre una sede en el cantón de Matina (distrito de Batán), y en 2006, el cantón de Siquirres se suma a la oferta académica. Ese mismo año, se destaca la firma del Convenio Marco de Cooperación Interinstitucional con el Fideicomiso IMAS (FIDEIMAS).

En 2007, se expande al cantón de Talamanca y se crea el Conservatorio de las Artes y la Música del Caribe, junto con la Escuela de Música en Limón. Además, se firma un convenio de articulación con la Universidad Estatal a Distancia (UNED), ampliando las oportunidades de formación para los estudiantes limonenses.

En 2009, se amplía el área de influencia con la apertura de una sede en el cantón de Sarapiquí (provincia de Heredia), atendiendo una solicitud de la Universidad Nacional (UNA) y en cumplimiento del convenio marco previamente firmado.

Finalmente, en 2010, se logra cobertura en los seis cantones de la provincia de Limón con la apertura de la sede en Guácimo, incorporando la carrera de Gestión Municipal, mediante un convenio de titulación conjunta con la Universidad Nacional. Esta carrera se ofrece tanto en Guácimo como en Sarapiquí.

Se destaca también la implementación de programas de música en los cantones de Guácimo, Siquirres, Matina y Limón, impartidos por el Conservatorio de las Artes y la Música del Caribe.

Gracias al trabajo conjunto con empresas e instituciones públicas y privadas de la provincia de Limón, se ha generado una creciente demanda por los servicios que ofrece el Colegio Universitario de Limón.